El 10 de Febrero se dará inicio a la Copa Águila 2016 en su fase de grupos, y finalizara el 4 de Mayo.

Al finalizar la Fase de grupos clasificaran lo 8 primeros y los 4 mejores segundos, a partir de la segunda ronda se jugaran llaves de eliminación directa con encuentros de ida y vuelta.

Deportivo Cali, Atlético Nacional y Santa Fe no jugaran la primera ronda por estar clasificados a Copa Libertadores, al igual que Junior por ser el actual campeón del certamen.